Zwischen STAR TREK und STAR TREK INTO DARKNESS ist die Miniserie COUNTDOWN TO DARKNESS angesiedelt, die von Cross Cult als Einzelband veröffentlicht wurde. Auch die fortlaufende Serie NEUE ZEIT deckt die Zeit zwischen den Filmen ab, diese Miniserie hat thematisch jedoch die größte Bedeutung.
Die Enterprise kommt zu einem Planeten, wo der ehemalige Sternenflotten-Captain Robert April der einheimischen Bevölkerung hilft, dem Genozid durch ein anderes Volk, das von den Klingonen unterstützt, zu entgehen. April hat die Regeln der Hauptdirektive hinter sich gelassen und fordert Kirk heraus, sich als Captain auch über Sinn und Unsinn dieser Regel Gedanken zu machen.
Das ist ein wichtiges Element des zweiten Kinofilms, da Kirk in diesem als ein Mann gezeigt wird, der sich nicht mehr streng an die Direktive hält. Stattdessen verlässt er sich auf seine moralische Integrität.
Davon abgesehen hat dieser Comic mit dem Film praktisch nichts zu tun. Vor Kinostart gab es Spekulationen, dass Robert April vielleicht auftauchen könnte (oder Benedict Cumberbatch April sein könnte). Ein paar kleinere Verbindungen gibt es aber schon. Aprils erster Offizier war der spätere Admiral Marcus, Hilfe erhielt er zudem von der Schmugglerin Mudd, deren Raumschiff von Kirk konfisziert wird. Später benutzt man es im Film, um zur klingonischen Heimatwelt zu fliegen.
COUNTDOWN TO DARKNESS ist ein flott erzähltes Abenteuer, das trotz Inputs von Filmautor Robert Orci natürlich nicht wirklich essenziell ist. Für das Verständnis des Films braucht man diesen Comic nicht, als Erweiterung des STAR TREK-Universums und Teil des offiziellen Kanons ist der Band – ebenso wie NEUE ZEIT – nicht uninteressant.