Schon einige Zeit früher gab es jedoch auch einen Comic zur dritten Serie „Star Trek – Deep Space Nine“, bei dem ebenfalls nicht DC, sondern der relativ kleine Verlag Malibu zuschlug. Malibu brachte eine reguläre Serie und veröffentlichte mehrere Specials und Einzelbände, wodurch die Fans in den Genuss von mehr als 40 verschiedenen Geschichten kamen. Highlight sowohl von DC wie auch Malibu ist aber sicherlich eine Miniserie, die ein Crossover zwischen „Deep Space Nine“ und „The Next Generation“ bietet, bei dem jeder der Verlage jeweils zwei Hefte veröffentlichte.
Als für DC das Ende in Sachen „Star Trek“ kam, zeigte sich, dass der direkte Konkurrent Marvel diesmal etwas höher gepokert hatte. Die Lizenz wanderte zu Marvel, wo unter dem Signet „Paramount Comics“ der Franchise erneut zu Comic-Ehren kommen sollte. „Star Trek – Deep Space Nine“ befand sich praktisch eh schon in der Hand von Marvel, da der Verlag wenig früher Malibu aufgekauft und somit auch den „Star Trek“-Titel eingesackt hatte.
Nach etwa einem Jahr des Wartens hatten die neuen Serien „Star Trek – Deep Space Nine“ und „Star Trek – Voyager“, sowie das etwas dickere „Star Trek Unlimited“, das den beiden ersten Fernsehserien vorbehalten war, Premiere. Wenig später schon gingen die Serien „Star Trek – Starfleet Academy“ und „Star Trek – Early Voyages“ an den Start. In ersterer kamen mit Ausnahme von dem Ferengi Nog praktisch nur neue Charaktere vor, die ihre Abenteuer an der Akademie erlebten, und in letzterer wurden die Erlebnisse von Captain Pike an Bord der alten Enterprise näher beleuchtet. Beides waren außergewöhnliche Serien, die vor allem deswegen so gut gelungen waren, weil sie eine sehr viel größere kreativere Freiheit für die Macher bereithielten und so mit Überraschungen und tödlichen Wendungen aufwarten konnten.
Abgerundet wurde das Programm durch verschiedene Specials, darunter auch zwei Treffen mit den X-Men, die so ungewöhnlich waren, dass man sie eigentlich nie erwartet hätte. Die Freude über die wirklich gelungenen Marvel-Titeln währte aber nicht lange. Nach weniger als zwei Jahren wurden sämtliche „Star Trek“-Titel eingestellt. Ein Grund hierfür wurde nie genannt, aber es ist anzunehmen, dass Marvel nicht mehr die Lizenzgebühr an Paramount zahlen konnte, nachdem der Verlag nur eng am Konkurs vorbeischrammte.
