Nachdem der Comics Code in Kraft trat, musste Gaines sein Comic-Programm stark ummodellieren. Neue Serien waren „Psychoanalysis“ und „M.D.“, die beide nach nur wenigen Ausgaben wieder eingestellt wurden. Gaines führte verschiedentlich Kämpfe gegen die Comics Code Authority, so etwa im Fall der Geschichte „Judgment Day“. In dieser wird erzählt, wie ein Astronaut im Auftrag der Galaktischen Republik auf einen Planeten kommt, auf dem orange und blaue Roboter leben. Sie sind in jeder Beziehung gleich und unterscheiden sich nur in der Farbe. Doch ein Teil der Bevölkerung hat weniger Rechte als die andere. Das letzte Panel zeigt den Astronauten in seinem Schiff. Er entscheidet, dass dieser Planet noch nicht reif dafür ist, Teil der Galaktischen Republik zu werden. In diesem Panel nimmt er seinen Helm ab – und man sieht, dass er ein Schwarzer ist.
Judge Charles Murphy, Vorsitzender der Comics Code Authority, trachtete danach, dass dieses Panel geändert und aus dem schwarzen Astronauten ein weißer wird. Der Code gab ihm keinerlei Handhabe in dieser Angelegenheit, aber dennoch verfocht er seinen Änderungswunsch, biss sich an Gaines jedoch die Zähne aus.
Die Geschichte erschien in der 33. Ausgabe von „Incredible Science Fiction“. Dies war auch das letzte Heft, das von EC Comics erschien. Gaines stellte alle Titel mit Ausnahme des „Mad Magazine“ ein.
Gaines, der am 3. Juni 1992 im Alter von 70 Jahren verstorben ist, war Zeit seines Lebens ein Mann, der vor keinem Kampf zurückscheute. Er stellte sich 1954 dem Senate Subcommittee on Juvenile Delinquency, in dem es natürlich darum ging, dass seine Comics Kinder sozialethisch desorientieren. Dabei machte er eine gute Figur und demaskierte das Komitee und seine bigotte Art. Auch im Zuge der Veröffentlichung des „Mag Magazine“ musste Gaines immer wieder vor Gericht erscheinen, selbst als er das Magazin schon verkauft hatte, aber noch als Herausgeber fungierte. So mancher Künstler zerrte das „Mad Magazine“ bis vor das oberste Gericht, scheiterte in der Regel aber daran, dass die Form der Parodie viel erlaubt.
Gaines war ein Mann, der vor nichts und niemandem zurückschreckte. Er machte sich schnell eine Meinung und blieb auch bei dieser. Dabei interessierte es ihn nicht, ob dies mit finanziellen Rückschlägen einherging. So entzog er der britischen Filmfirma Amicus weitere Verfilmungsrechte, als er mit der Adaption des Comics THE VAULT OF HORROR unzufrieden war und verzichtete damit auf eine nicht unerkleckliche Lizenzsumme. William M. Gaines war einer der ganz Großen der amerikanischen Comic-Szene, ein Mann mit Vision und Integrität.
