Nach der Gründung der Association im Jahr 1954 war damit im Endeffekt auch das Ende von EC in der Form, wie es bisher bestand, besiegelt. Denn ohne ein Siegel der Comics Code Authority wollte kein Kiosk mehr einen Comic verkaufen. Das zwang Gaines dazu, dass er seine Hefte doch der CCA vorlegte. Was folgte, waren zwei Jahre des Kampfs gegen Windmühlen, war der Code doch derart restriktiv, dass kaum noch etwas erlaubt wurde.
Mit dem letzten Heft des alten EC, Incredible Science Fiction 33, wollte Gaines es dann darauf ankommen lassen. Eine eigentlich für das Heft vorgesehene Geschichte wurde abgelehnt, weswegen Gaines die Geschichte „Judgement Day“, die bereits 1953 erschienen war, nachdruckte. Aber auch hier gab es Schwierigkeiten. Die Pointe der Geschichte um einen Astronauten, der auf einem fremden Planeten Roboter mit unterschiedlichen Farben trifft, dich sich wegen eben dieser diskriminieren, war, dass er am Ende den Helm absetzt und man erkennt – er ist schwarz.
Judge Charles Murphy, damals Vorsitzender der Association, wollte, dass das Ende verändert wird. Der Astronaut sollte nicht mehr schwarz sein. Als Gaines das hörte, griff er zum Telefon und schrie Murphy an. Er drohte, eine Pressekonferenz einzuberufen und ihn zu verklagen, da er für diese Forderung keinerlei Rechtfertigung in den Regularien der Comics Code Authority hatte. Murphy zog zurück, wollte dann jedoch, dass die Schweißperlen auf der Stirn des Astronauten entfernt werden. Gaines quittierte das mit einem „Fuck You“, legte und auf und publizierte die Geschichte in ihrer ursprünglichen Form.
Zu dem Zeitpunkt hatte Gaines sich schon mit den New Direction-Titeln, darunter Psychoanalysis, die realistische Geschichten erzählten, neu erfinden wollen, die Hefte liefen aber unheimlich schlecht – und das von Anfang an. Mit ein Grund hierfür war jedoch auch, dass sie kaum die Leser erreichten. Zahlreiche Kioske und Vertriebe packten die Pakete gar nicht aus, sondern schickten sie ungeöffnet zurück an den Verleger. Der Verdacht liegt nahe, dass dies auch ein Ergebnis der Anhörung war, in der sehr genau nachgefragt wurde, wie es um den Vertrieb der EC-Comics bestellt war.
Im September 1954 hatte Gaines bereits aufgehört, Crime- und Horror-Comics zu produzieren, in den zwei darauffolgenden Jahren waren mit den New Trend- und New Direction-Titeln keine großen Erfolge zu erzielen, so dass sich Gaines 1956 entschloss, den Comic-Bereich ganz zu verlassen, mit Ausnahme des Satire-Magazins MAD, das nicht vom Code abgesegnet werden musste.
Gaines hatte verloren – und mit ihm hatten auch ganze Generationen von Lesern verloren, die keine neuen EC-Comics erhielten –, aber zumindest hatte er die Genugtuung auf der richtigen Seite der Historie gestanden zu haben. Wo andere sich an Hexenjagden beteiligten und in der Popkultur nach billigen Sündenböcken für gesellschaftliche Probleme suchten, blieb Gaines standhaft. Aus dieser Vergangenheit könnte man lernen, aber das muss man auch wollen. All jene, die auch heutzutage Filme oder Games für die Taten einzelner verantwortlich machen, haben indes nichts gelernt – und werden von künftigen Generationen ähnlich bewertet werden wie Frederic Wertham, die Zensoren der Comics Code Authority und die Mitglieder des Senatsausschusses.
In Deutschland gab es nur wenige Veröffentlichungen. Hethke brachte ein paar Kurzgeschichten in den 1980er Jahren, später auch ein paar Hefte. Am umtriebigsten in Sachen EC ist der All Verlag, der einige Bände mit EC-Comics von Wally Wood veröffentlicht hat.
