Die Lizenz lag aber nicht lange brach. In der zweiten Hälfte der 1980er Jahre begannen sich auf dem amerikanischen Comic-Markt kleinere Verlage abseits von Marvel und DC zu etablieren. Einer davon war der von Mike Richardson in Oregon gegründete Verlag Dark Horse Comics. Dort hatte man Erfolg mit neuen Comics zu den Filmreihen Aliens und Predator. Galten Comics zu Filmen bis dato immer als ein bisschen minderwertig, so änderte sich das nun gewaltig. Denn Dark Horse Comics vertrat die Philosophie, nicht eine fortlaufende Serie zu präsentieren, bei der sich unweigerlich auch Füller-Geschichten ergaben, sondern immer abgeschlossene Miniserien. Im Grunde behandelte man jede dieser Geschichten, als wäre sie ein neuer Film.
Als das Lucasarts-Game Indiana Jones and the Fate of Atlantis erfolgreich lief, erwarb Dark Horse Comics die Lizenz, um neue Geschichten erzählen zu können. An den Start ging man jedoch mit einer vierteiligen Adaption des Games, die von März bis September 1991 erschien – geschrieben von William Messner-Loebs und gezeichnet von Dan Barry. Barrys Zeichnungen fanden nicht bei jedem Anklang.
Der Künstler hatte über viele Jahre hinweg die in Tageszeitungen publizierte Comic-Strip-Serie Flash Gordon gezeichnet, die von Layout und Aussehen der Figuren eher klassisch anmutet. Zudem hat er einen Stil, der ein wenig ins Cartoonhafte geht. Den brachte er auch hier ein, was durchaus reizvoll ist, weil der Zeichenstil die Comics aussehen lässt, als wären sie aus einer anderen Zeit – passend für die Abenteuer eines Mannes zum Ende der 1930er Jahre.
Die Miniserie erwies sich für Dark Horse Comics als großer Erfolg. Nicht so groß wie die Star Wars-Lizenz, die man auch im Jahr 1991 erworben hatte, aber doch so, dass im Verlauf der nächsten fünf Jahre sechs Miniserien und ein Einzelheft folgten. An den Start ging Indiana Jones and the Shrine of the Sea Devil von Autor und Zeichner Gary Gianni. Die Geschichte wurde zuerst von Oktober 1992 bis Januar 1993 in der Anthologie-Serie Dark Horse Comics publiziert und dann im September 1994 als Einzelheft auf den Markt gebracht.
Im September 1993 folgte die sechsteilige Miniserie Indiana Jones: Thunder in the Orient von Autor und Zeichner Dan Barry. Die Zeichnungen standen insofern in der Kritik, da sie deutlich altmodischer als alles aussahen, was es sonst bei den populären Serien damaliger Zeit gab. Von allen geliebt wurden jedoch die gemalten Cover von Dave Dorman, der das auch schon für die ersten Star Wars-Comics des Verlags getan hatte und jedes so gestaltete, als hätte man ein Filmposter vor sich. Im Grunde ist es schade, dass Dorman praktisch niemals Interieurs gemacht hat, aber die Cover sind auf jeden Fall ein Hingucker.
Es folgten die vierteilige Miniserie Indiana Jones and the Arms of Gold von Lee Marrs und Leo Duranona, der Zweiteiler Indiana Jones and the Golden Fleece von Pat McGreal, Dave Rawson und Ken Hopper, die vierteilige Miniserie Indiana Jones and the Iron Phoenix von Marrs und Duranona, die vierteilige Miniserie Indiana Jones and the Spear of Destiny von Elaine Lee und Dan Spiegle, in dem auch Indys Vater dabei ist, und die vierteilige Miniserie Indiana Jones and the Sargasso Pirates von Karl Kesel und Eduardo Barreto. Die letzten Hefte erschienen im Frühling 1996. Die Verkäufe waren rückläufig, die letzten Miniserien für den Verlag enttäuschend. Darum wurde die von Pete Ford und Hugh Fleming gestaltete Miniserie Indiana Jones and the Lost Horizon, die im Jahr 1926 spielte und sich mit Indys Freundschaft zu Abner Ravenwood befasste, gestoppt. Kein Heft dieser Serie ist je erschienen.
Im Februar 1992 startete zudem noch die zwölfteilige Serie The Young Indiana Jones Chronicles auf Basis der damals neuen Fernsehserie. Dan Barry schrieb und zeichnete den Großteil, weitere Hefte wurden von Gray Morrow und Gordon Purcell gezeichnet. Der Reiz der Serie war eher begrenzt, da es auch keine neuen Abenteuer gab, sondern nur die ersten Folgen der Fernsehserie adaptiert wurden.
Mit dem Start von Indiana Jones und das Königreich des Kristallschädels erwarb Dark Horse Comics wieder die Lizenz. Im Mai 2008 veröffentlichte man eine Adaption des Films, danach folgte die Taschenbuchreihe Indiana Jones Adventures mit Geschichten, die auf ein eher junges Publikum zugeschnitten waren. Zwei Bände gab es, dazu kam noch die vierteilige Miniserie Indiana Jones and the Tomb of the Gods, dann war es das mit Indy aber auch schon wieder.
Einen kuriosen Auftritt gab es zuvor aber schon, nämlich eine Kurzgeschichteaus dem Jahr 2004. In der 19. Ausgabe Anthologieserie Star Wars Tales erschien die von W. Haden Blackman geschriebene und von Sean Gordon Murphy gezeichnete Geschichte Into the Great Unknown.
Hier stürzen Han Solo und Chewbacca mit dem Millennium Falken auf der Erde ab – und zwar im Bereich des pazifischen Nordwestens der USA. Han wird von Einheimischen getötet, die noch mit Speeren und Äxten hantieren. Für sie ist Chewie der Sasquatch. Mehr als ein Jahrhundert später sucht Indiana Jones nach dem Sasquatch und findet die Überreste von Han Solo, während Chewie aus der Ferne zusieht.
Die Idee, Han Solo und Indiana Jones aufeinandertreffen zu lassen, gab es beim Comic-Verlag Dark Horse Comics schon lange. Letztlich ging sie in dieser zehnseitigen Geschichte auf, die mit Verweisen auf beide Filmreihen gespickt ist.
